Beurteilende*r| Name: | Univ.Prof. Dipl.-Ing. Dr.nat.techn. Johann Sölkner |
| Herkunftsbetrieb: | |
| 1.Mitwirkender |
| Name: | Assoc. Prof. Priv.-Doz. Dr. Gabor Meszaros |
| Herkunftsbetrieb: | |
| Arbeit |
| Typ der Arbeit: | Masterarbeit |
| Sprache der Arbeit: | Englisch |
| Titel der Arbeit in Originalsprache: | Genetic map of Fleckvieh cattle |
| Titel der Arbeit in deutsch: | Erstellung einer genetischen Karte für das Fleckvieh-Rind |
| Titel der Arbeit in englisch: | Genetic map of Fleckvieh cattle |
| Publikationsmonat: | 07.2022 |
| Seitenanzahl: | 35 |
| Volltext |
| Volltext der Arbeit: | Volltext der Arbeit im PDF-Format laden |
| Online-Katalog der Universitätsbibliothek Bodenkultur |
| AC-Nummer: | AC16601424 |
| Abstract |
| Abstract in Deutsch: | Erstellung einer genetischen Karte für das Fleckvieh-Rind
In dieser Masterarbeit haben wir eine genomische Karte des Fleckviehs erstellt, wobei wir ~39K SNPs und 114228 Meiose-Ereignisse von männlichen Eltern und 42706 Meiosen von weiblichen Tieren verwendet haben. Die meiotische Rekombination ist eine Quelle genetischer Variation, da sie genetisches Material zwischen Schwesterchromatiden verschiebt und dabei das Kopplungsungleichgewicht aufbricht. Es ist wichtig zu untersuchen, wie die Rekombination zwischen Individuen und Rassen variiert, um zu verstehen, wie eine Population auf Selektion reagieren würde. Wir haben Rekombinationshäufigkeiten zwischen benachbarten Markern verwendet, um eine genetische Karte für Fleckvieh zu erstellen. Wir schätzten die Rekombinationsraten anhand von insgesamt 4.600.610 cross-overs. Die durchschnittliche genomweite Rekombinationsrate betrug 1,04 centiMorgan pro Megabase und 0,92 cM/Mb bei einer Länge von 26,05 Morgan bzw. 23,16 Morgan bei männlichen bzw. weiblichen Tieren. Längere Chromosomen wiesen niedrigere Rekombinationsraten auf und vice versa. Bei den männlichen Tieren wurde eine höhere Anzahl von Rekombinationen beobachtet als bei weiblichen, ähnlich wie bei Schafen, aber im Gegensatz zu vielen anderen Säugetieren. Die genetische Karte zeigte eine ausgeprägtere Rekombinationsrate um die Endposition jedes Autosoms bei Bullen, während bei den Kühen ein allmählicher Rückgang um dieselbe Position beobachtet wurde. Mithilfe einer genomweiten Assoziationsstudie identifizierten wir zwei zuvor publizierte Kandidatengene (REC8 & RNF212) auf Chromosom 6 und 10. Das stärkste Signal wurde auf Chromosom 19 in der Nähe des Gens SCO1 gefunden, das bisher nicht mit der Rekombinationsrate assoziiert war. Die genomweite Rekombinationsrate ist ein stark vererbbares Merkmal mit einer Chip-Heritabilität von 50 %. Diese Schätzung ist höher als jene früherer Studien mit anderen Rassen.
Die in dieser Arbeit erstellte genetische Karte für Fleckvieh wird für viele künftige Forschungsarbeiten im Zusammenhang mit der genetischen Vielfalt und der genomweiten Assoziation von Nutzen sein.
|
| Abstract in Englisch: | In this MSc. thesis work, we constructed a genomic map of Fleckvieh cattle using ~39K SNPs and 114228 meiosis events from male parents and 42706 meioses of females. Meiotic recombination is a source of genetic variation as it shuffles genetic material between sister chromatids, breaking down linkage disequilibrium in the process. Studying how recombination varies among individuals and breeds is important to understand how it could respond to selection. We used recombination frequencies between neighbouring markers to construct a genetic map for Fleckvieh cattle. We estimated recombination rates from a total of 4,600,610 crossovers. The average genome wide recombination rate was 1.04 centiMorgan per megabase and 0.92 cM/Mb with a length of 26.05 Morgan and 23.16 Morgan in males and females, respectively. Longer chromosomes showed lower recombination rates and vice versa. A higher number of recombinations was observed in males than females, similar to sheep but unlike many mammals. The genetic map showed a more pronounced recombination rate around the end position of each autosome in males whereas a gradual decline was observed around the same position in females. Using genome wide association study, we identified two previously reported candidate genes (REC8 & RNF212) in chromosome 6 and 10. The strongest signal was found on chromosome 19, near SCO1 gene, not associated with recombination rate so far. Genome wide recombination rate is a highly heritable trait with a 50% chip heritability. This is an estimate higher than previous studies from other breeds.
The genetic map of Fleckvieh cattle emerging from this thesis will be useful for many future research endeavours related to genetic diversity as well as genome wide association.
|
| Schlagworte |
| Schlagwörter Deutsch: | Rind Genetik Rekombination SNP Karte Morgan Fleckvieh |
| Schlagwörter Englisch: | cattle genetic recombination map Morgan Fleckvieh |
| Sonstiges |
| Signatur: | D-23369 |
| Organisationseinheit, auf der die Arbeit eingereicht wird: | H93200 Institut für Nutztierwissenschaften (NUWI) |
Zurück zur Auswahl der Arbeiten
